L сужает круг подозреваемых до тех, за кем следил Рей Пенбер, и устанавливает видеокамеры в доме Ягами. Лайт быстро это обнаруживает и убеждает Рюука найти все видеокамеры.
Лайт отказывается от тетради Рэм и признаётся L, что он может быть Кирой. L сажает Лайта за решётку. Убийства преступников прекращаются. Лайт отказывается от тетради Рьюка и теряет память. Преступники снова начинают умирать от рук Киры.
L выпускает Лайта и Мису из тюрьмы. L сообщает, что штаб-квартира расследования переносится в построенный им 23-этажный дом. В этом же доме поселяют Мису. Лайт и L, скованные наручниками, продолжают совместное расследование дела Киры.
Лайт и L дерутся. Японская полиция прекращает расследование дела Киры, поэтому Ягами Соитиро и некоторые другие детективы уходят в отставку. Айзава остаётся в полиции и уходит из штаба расследования. Детективы выходят на след Ёцубы. Появляются Айбер и Уэди.
Миса приходит на собеседование в Ёцубу. Рэм показывается ей и рассказывает, что Лайт – Кира. Миса идёт на свидание с Хигучи, говорит ему, что она – второй Кира и добивается признания, что он – третий Кира.
L узнаёт тайну тетради. К Лайту возвращается память. L отпускает Мису. Миса по поручению Лайта откапывает вторую тетрадь смерти. Она забыла настоящее имя L, поэтому снова совершает сделку с Синигами и получает глаза Смерти.
Силами ФБР создаётся специальная команда для расследования дела Киры (SPK) без помощи L. Эту команду возглавляет Ниа. Ниа сообщает Лайту, что знает о смерти L. Мелло похищает Ягами Сайю.
Мелло обменивает Ягами Сайю на тетрадь. С помощью тетради он убивает большинство членов SPK. Ниа сообщает Лайту, что подозревает во всём происходящем Мелло.
Лайт отказывается от тетради и пересылает её в полицию. Ягами Соитиро получает от Рюука глаза Смерти и видит настоящее имя Мелло, но не успевает записать его в тетради. Ягами Соитиро умирает. Тетрадь возвращается её владельцу – синигами Сидо.
Айзава начинает подозревать Лайта и рассказывает Ниа о рассследовании L. Лайт приказывает Мисе отказаться от тетради и передать её Тэру Миками. Миса теряет память, а Тэру Миками начинает наказывть преступников.
Тэру Миками находит нового «представителя Киры», Киёми Такаду, а затем с её помощью связывается с Лайтом. Мелло и Мэтт устанавливают слежку за Мисой. Такада становится союзницей Лайта.
Ниа ищет связь между двумя Кирами и прибывает в Японию для наблюдения за Тэру Миками. Тэру Миками по поручению Лайта пересылает листы из Тетради Смерти Такаде Киёми.
